Por orden de la administración alemana, en 1940 se establecen ghettos en todo el territorio dela Polonia ocupada. Los barrios pobres donde ya viven muchos judíos son declarados “barriosjudíos”. Estos barrios se transforman en residencia obligada de todos los judíos; los no judíos deben abandonarlos. Una vez concluido el "reasentamiento”, los ghettos son acordonados por la policía y aislados con una cerca o un muro. Todo aquel que intente salir correrá el riesgo de ser condenado a muerte o acribillado a tiros en el acto por los guardias.
Los dos ghettos más grandes son los de Lodz (Litzmannstadt) en el “Warthegau” anexionado (160.000 habitantes) y el de Varsovia en el Gobierno General (450.000 habitantes). Los Consejos Judíos (Judenräte) tratan en vano de organizar una vida social y de garantizar el abastecimiento. Están sometidos a la autoridad de la administración civil alemana, la cual, por su parte, está bajo el control de la Gestapo. Los ghettos no están en condiciones de asegurar su propia subsistencia. En algunos sitios, por ejemplo en Varsovia, se instalan empresas alemanas para aprovechar la mano de obra barata, pero éstas sólo dan trabajo a una minoría. La práctica del contrabando, penado con la muerte, llega a ser una necesidad existencial. En Lodz, donde todos están obligados a trabajar y donde el contrabando es imposible, reina también el hambre. La pobreza aumenta y los antagonismos sociales se exacerban. Hombres y mujeres valientes tratan de preservar su dignidad humana comprometiéndose en trabajos sociales y culturales, pero la decadencia general es imposible de detener. El aislamiento del mundo exterior y el desabastecimiento llevan a una indigencia cada vez mayor de la población del ghetto. El hacinamiento, la desnutrición permanente y las condiciones higiénicas catastróficas provocan grandes mortandades. Solamente en el ghetto de Varsovia mueren 96.000 personas.
En enero de 1942, las SS inician las deportaciones hacia los campos de exterminio. La “evacuación” (Aussiedlung, palabra código nazi para exterminio) comienza en el Warthegau y continua a mediados de marzo en el Gobierno General. Primero son desalojados los asilos nocturnos y las cárceles, los hospitales, los asilos para ancianos y los orfanatos. El 22 de julio comienzan las deportaciones en Varsovia. Al principio se trata de tentar a los hambrientos con pan y mermelada. Muy pronto se tiene que recurrir a la brutalidad más extrema para reunir a los aterrorizados habitantes y cumplir con el contingente exigido de 5.000 personas diarias. Al cabo de una semana, el Servicio de Orden Judío (Jüdischer Ordnungsdienst) es reemplazado por miembros voluntarios de las SS. Comienza una cruenta cacería humana: se procede sistemáticamente, evacuando calle por calle, edificio por edificio. Hasta septiembre de 1942, 310.000 personas son deportadas de Varsovia. Los únicos que quedan a salvo provisionalmente son los trabajadores de las empresas importantes para la industria bélica, y sus familias. El ghetto es liquidado definitivamente en abril de 1943. Un ghetto pequeño subsiste en Lodz hasta agosto de 1944.
